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進化樹分析

               
PAUP PAUP(簡約法和其他方法的親緣分析)是由簡約法、最大似然法和距離法用于親緣分析的程序,為系統發育分析提供一個簡單的,帶有菜單界面的,與平臺無關的,擁有多種功能(包括進化樹圖)的程序。本站提供正版PAUP軟件代購服務詳情請進
WINIPAUP 1.0 PAUP軟件WINDOWS介面軟件。   
Phylip 3.695 進行進化樹分析。它可以分析DNA與蛋白序列, 限制位點等,并可繪制進化樹。程序含有許多選項可以精確控制與分析。   
TreeView 1.6.6 是用來生成與打印進化樹的軟件,它可以讀取NEXUS與PHYLIP生成的進化樹格式文件,生成進化樹,并輸出到打印機。 
GeneTree 1.3 是用來比較基因與種系進化樹的程序。  
NDE 0.5.0 NDE是用來編輯NEXUS格式文件的程序,見上TREEVIEW。
TreeMap 3.0b 用來可視地比較主、從進化樹。
Phyltools 1.32 是Phylogenetic Computer Tools的縮寫,是一個與進化樹軟件Phylip共同使用的軟件,用來計算與處理進化樹數據的軟件,包括RFLP、RAPD與AFLP數據。
tree-puzzle 5.2 核酸序列、蛋白序列相似性分析及進化樹構建工具。根據序列數據的最大相似性構建進化樹,可對大量數據進行快速分析構建,程序還包含數個統計測試。解壓后,有詳細使用手冊及程序源代碼。
Archaeopteryx 0.9813 是一個Java語言編寫的工具,用來顯示"New Hampshire"與NHX格式的進化樹文件。
TREECON 1.3b Demo 是一個主要用來構建和繪制進化樹的軟件包,還可進行序列距離評估計算、文件格式轉換等工作。演示版不能打印與存儲,只能配合截圖工具使用。
COMPONENT 2.0 分析進化樹免費軟件。
NJplot 2.4 一個小巧的顯示進化樹的免費軟件。
MEGA 5.2.2 免費分子進化遺傳分析軟件,也是文獻中經常用到的軟件。該版本對使用界面做了優化,并有多種統計學算法。
TreeSAAP 3.2 (Selection on Amino Acid Properties的縮寫)蛋白序列進化分析軟件。
mesquite 2.75 進化分析軟件,JAVA語言寫成需要安裝java環境。
PAL 1.51 Phylogenetic Analysis Library的首字母縮寫,進化分析java程序庫。
Vanilla 1.2 使用PAL編寫的進化分析命令行程序。
SplitsTree 4.13.1 JAVA程序編寫的分析和顯示進化數據軟件。需要安裝TCL/TK程序方可運行。
TCS 1.21 JAVA程序所寫的進化網絡分析軟件。
GEODIS 2.6 進化分析軟件。
RDP 4.46 Beta 重組分析軟件。
FastME 2.0.7 非常快速精確的進化樹軟件。
T-REX 4.01 進化樹構建分析軟件。
FSTAT 2.9.3.2 基因差異分析軟件。
ProfDist 0.9.9Beta 構建大進化樹軟件。
STC 1.2 新的算法構建進化分析軟件。
PVT Phylogenetic Visualization tool,進化樹顯示工具。
PHASE 2.0 PHylogenetics And Sequence Evolution的縮寫,序列進化分析軟件。
BAMBE 4.01a Bayesian Analysis in Molecular Biology and Evolution的縮寫,分子生物進化分析軟件。
jMODELTEST 2.1.7 核苷酸替換DNA進化最優模型分析軟件。
ModelPie 1.01 MODELTEST 的WINDOWS圖形操作介面軟件。
Clann 3.2.2 以色列科學家編寫進化樹分析軟件。
Phylogenetic Independence 2.0 進化獨立性分析軟件。
Jevtrace2 v3.16 需要到原始網站注冊。JAVA語言寫的進化分析軟件。
NimbleTree 2.6 需要到原始網站注冊注冊下載,建立進化樹軟件。
Phyl-O-Gen 1.1 構建進化樹軟件。
BEAST 2.2.1 貝葉斯進化分析軟件。
MESA 1.9.23 (MacroEvolutionary analysis and SimulAtion) 宏進化分析和模擬軟件。
TreeJuxtaposer 2.1 進化樹比較分析軟件,JAVA語言編寫。
TreeExplorer 2.12 進化樹繪制顯示軟件。
TreeMe 07/2008 進化樹生成和顯示軟件。
DNATREE 1.3 DNA序列進化分析軟件。
Genie 3.0 (Genealogy Interval Explorer)系譜間隔分析軟件,用于病毒基因或其它序列數據的進化分析。
Pebble v1.0 進化分析軟件;
ArboDraw 2006 進化樹繪圖軟件
MrBayes 3.2.5 進化樹分析軟件;
Network 4.613 進化樹生成軟件;
PhyDE 0.9971 進化數據編輯器;
PRAP 2.0b3 Parsimony ratchet分析軟件
PPG 1.2.0 制作系統發育圖譜軟件。
CopyCat 2.03 聯合進化樹分析工具
Dendroscope 3.2.10 大進化樹顯示軟件
TreeGraph 2.4.0-456 beta 進化樹圖編輯軟件
SeqState 1.41 進化DNA數據的引物設計序列統計軟件
CDTree 3.1 蛋白序列進化樹分析繪圖軟件。
TreeDyn 198.3 進化樹分析動態作圖標記軟件。
Baobab 3.31 Java語言編寫的大進化樹編輯軟件。
Bosque 2.0 alpha 增加圖形化進化分析軟件。
DoubleTree 0.7 比較兩個系統進化樹軟件。
figtree 1.4.2 進化樹圖像顯示軟件
DensiTree 2.2.1 進化樹集定量分析,后驗分布顯示工具軟件
Leaphy 1.0 大相似算法maximum likelihood (ML)分析進化樹軟件
Phylodendron 0.8d 進化樹繪制軟件
RASP 3.2 系統發育祖先性狀重構軟件
  以上軟件,除特別注明外,均在生物軟件光盤DVD2中。

 

 

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